非法职权是否可以纳入职务犯罪的范畴

当然可以纳入职务犯罪的范畴。所谓职务犯罪是指国家机关、国有公司、企业事业单位、人民团体工作人员利用职权和职权形成的便利条件实施的违反刑事法律规定,应受刑罚处罚的行为,包括《刑法》规定的“贪污贿赂罪”和“渎职罪”以及其他应当比照贪污贿赂罪、渎职罪处罚的犯罪。可见，职务犯罪是国家工作人员滥用权力、亵渎权力导致的犯罪，也只有滥用等非正常使用职权的行为才能构成职务犯罪，如果是合法行使职权的行为，即使造成什么错误，也只能受到行政上的处分，不可能构成犯罪。
至于你说的所谓“职权”本身违法违规的问题，实际上可能出现多种情况，如果这种“职权”违法违规的程度只是滥用职权（滥用职权也是违法违规的），那么完全可以纳入职务犯罪，比如法官滥用自己的审判职权，办人情案，枉法裁判，那么这就构成职务犯罪。如果超过了滥用职权的范畴，或者说这种违法违规的行为已经完全超出了职权的范畴，那么有可能构成一项单独的其他犯罪，比如海关人员利用职权参与走私，即使是他的上级授权甚至要求他这么做，他仍然有可能构成走私罪。显然走私罪不是职务犯罪。
至于你的最后一句话，这是一个误解，刑法的功能就是惩罚犯罪，保护人民。把某一犯罪纳入职务犯罪中，并不意味着这一犯罪中的利用职权的行为是合法行使职权，恰恰相反，职务犯罪中利用职务的行为都是非法行使职权的行为，都是刑法要予以惩罚而不是要保护的。