医院是否有规定治疗同样病的药品只有两种，去医院看病大夫告诉我某个药店，要我去那个药店拿药这样合理吗

你这个问题不是已经问过了吗？
医生可能在变相推销药品的。医改以后医、药分家，医院的药品销售跟医生无关了，但是社会上的药店销售会给医生提成一些的。所以，医生推荐你去药店拿药是迫不得已的事。
药店的药价比医院便宜，只要药品不假，别的就不用多想了。

我感觉要具体情况具体分析，医生要你去药店买的药是处方药还是非处方药，如果是处方药去医院外买不太符合常理；如果是非处方药还说得过去。最主要的是看大夫让你买的药是否对症，有些药，就算是药效很好也会因为招标，配送等种种原因进不了医院，只能在药店销售；也有是因为楼上说的大夫黑心要从中拿提成的情况。其实楼主不妨换个医院换个大夫，问问他这个药可不可以吃，是可以治病的药物还是辅助治疗的，个人认为，如果是治病的药，吃点无妨，如果大夫说是辅助治疗的，不吃也罢。