公司交易做帐问题：客户预付款打到公司帐上，尾款用现金支付

其实没有什么利弊的，可以先收钱嘛？很正常的。
收钱的时候借：银行存款（金额）
现金
贷：预收账款－最好把明细公司名称简单写
何时开票借：预收账款－最好把明细公司名称简单写
贷：主营业务收入
应交税金－应交增值税－销项

可以，没什么利弊

借：银行存款
现金
贷：应收帐款

一样的 借：银行存款 贷：预收账款 借：现金 贷：预收账款
开发票后 借：预收账款 贷：主营业务收入 应缴税金-销项