计算机病毒问题，高手进。。

病毒大多感染系统文件和可执行文件，你的数据不一定就会染毒，看你的数据是什么格式的就能确定。另外你那1000多个病毒估计绝大多数都是同一种病毒，你查一查他都感染什么类型文件，这样就可以确定你的数据有没有问题。
不用格式化。重装系统是必要的，先备份c盘重要文件。
你弄一张winpe启动光盘，用这张光盘启动电脑进入winpe系统，把你电脑里面每个盘符下面带有autorun字样的文件删掉（防止某些病毒自动加载）。然后弄一张ghost版的xp安装光盘，重新安装系统。安装完成后，马上安装最新版杀毒软件全盘查杀即可。

你以前是不是没有装杀毒的呀，给你以下几个办法：
首先，你看扫描出来的路径是哪些地方的，若C盘多，且你的C盘里没有资料，重装一个系统吧，之后再装一个软件查杀一下
第二，若C盘里有资料，还是装一个看能不能杀一下
第三，将硬盘取下来，作为一个副盘装在人家的电脑上去杀一下

平时嘛，不好的网站少上一点，装个360之类的东东也好一点

建议：断开网络，最好进入安全模式下，用杀毒软件杀毒，最好用2、3个杀毒软件进行查杀，确保没问题。小病毒个数多也没关系，有的病毒已经感染了你的正常文件，就格式化吧

不要着急，从按一下系统，记得不要全面安装，要升级安装，安装过程中对C盘格试化，别的盘的东西就不会删除了，还在的。

把资料移到其他盘,再格式化C盘并重装系统.

首先，如果你的C盘有重要信息的话，先把C盘的数据拷贝到另外的盘符下进行备份！然后重新安装系统安装系统的时候选择只格式化C盘，然后安装。其次，系统安装完成后，再安装杀毒软件！最后，最好进入安全模式 进行全盘扫描！