客运混乱长线短跑我该起诉谁?

起诉？楼主要打官司？

打官司要有证据，证明确实存在违规的“长线短跑”现象。或者由法规规定禁止“长线短跑”。

楼主可以起诉交通客运管理部门，告他们行政不作为；
也可以起诉违规运营的客运公司或车主，起诉他们违规经营，扰乱正常的经营秩序。