My head ____ (ache) because I drank too much beer yesterday.

有些词是不能用正在进行时的，这就比如说"die",总不能说一个人正在死吧”be dying“，这里用现在时就已经代表现在进行时的状态。希望你能理解。

ache 应该是短暂动词吧，就像sit 一样，不能用进行时

如果题目是像你写的这样，要是用进行时，就要用be doing来填了。但是个人觉得在这个句子里如果用进行时，可能就是想要强调这个事情仍然存在，而且还应该说is still aching。
不过感觉好像没见过ache的进行时。。。。