あまりあたりまえで気がつかないでいたのである

意思是太正常不过了，所以没注意。

気がつかないでいたのである可以分开成四部分，気がつかないで、いた、の、である。

动词原型是つく，否定型つかない，否定型+で表示状态，再+いる表示状态的持续，变为いた是表示过去的状态持续。の是形式名词，である是だ的书面语。

你说用动词连用型+ている来表达状态的持续，也是可以的，这时可以变为：気がついているーー＞気がついていないーー＞気がついていなかった。再加上后面的のである就变为：気がついていなかったのである。和上面的意思完全相同，不过是表达方式不同罢了。

根据检索结果后者更常用，也就是你说的ている用法。

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気がついていなかったのである で検索した结果 1～10件目 / 约2,340,000件

気がつく＝＞気がつか＋ない＝＞気がつかない

気がつかないです＝＞気がつかないでいました(郑重体)＝＞気がつかないでいた（简体)

这句话翻译过来是：
太过理所当然，没怎么在意是也
気がつかないでいたのである是由気がつかない+でいた+ので+ある组成。其中でいた是表示某个人正在做着什么，不用翻译也可以。ある是日本人的俏皮话，可以翻译成“是也”

太正常不过了，当时就没注意。

ないでいた既是否定，又是表示过去的状态。

由于太想当然，就没注意。应该这样解释吧。
で在这里表示原因。

过于想当然，没有意识到...

我认为应当这么理解。