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大学属于自治性程度较高的事业单位，内部可以制定一些管理规定，包括小额罚款等。还有比如企业单位也有这种规定，都是允许的。《行政许可法》中所说的罚款，是指政府部门制定的罚款，必须经过一定的程序，比如听证等最终由法律法规规章确定的方式，才能执行。但是，那是为了避免政府强大的公权力对公民私权的压制，而由法律进行的限制。对于企业事业单位，法律没有进行强制性的限制。因此，在大学里，这种不超过合理程度的小额罚款，一般不构成违法。问题的关键是，这种管理的方式早已被认为是落后的，为什么你们还要使用呢？加强管理有很多的途径，比如鼓励的方式远比这种惩罚的方式管用，惩罚最好只针对那些特别严重的行为进行约束。
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不合法
违反行政许可法
收费必须得到当地行政部门的收费许可证，以及物价部门的收费标准