河里的虫子是什么

看了你的描述，应该是“孑孓”吧。

“孑孓”是蚊子的幼虫。由蚊卵于水中孵化而成，其体细长，胸部较头部及腹部宽大，游泳时身体一屈一伸。通称跟头虫。

http://baike.baidu.com/view/25228.htm
这是它的图片和资料

现在这个季节正式孑孓大量出现的时候。

是蝌蚪吗

是微生物

很多是昆虫的幼虫，比如三楼提到的蚊子的幼虫孑孓，也有萤火虫的幼虫，还有蜻蜓的幼虫，当然没你说的那么小，你说的具体是哪一种不知道，但我见过，是最常见的一种。