公路内河运输发票怎样抵扣营业税？抵扣率是多少？

根据《财政部 国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知 》 财税（2003）16号文件规定：
16、经地方税务机关批准使用运输企业发票，按“交通运输业”税目征收营业税的单位将承担的运输业务分给其他运输企业并由其统一收取价款的，以其取得的全部收入减去支付给其他运输企业的运费后的余额为营业额。
因此，现行税收政策规定，只有实行统一收取价款的交通运输企业其取得的全部收入可以减去支付给其他运输企业的运费后的余额为营业额依照3%税率计算缴纳营业税。其他营业税纳税人取得“公路、内河运输统一发票”所包含的税款，不能抵扣营业税。

如果你是物流企业，收到公路内河运输发票，那么你报营业税的时候就是把你的主营业务收入减去收到的收到公路内河运输发票的金额申报。
如果你是增值税一般纳税人，收到公路内河运输发票，可以抵扣票面金额7%的制增值税。