我安装一个程序在D盘，为什么有文件会去系统盘（C盘）

是这样的，因为一般系统是安装在C盘的，那么你安装其它程式的时候，要想它正常运行，那么必须到到系统盘C盘注册。（安装到D盘程式的时候自动在C盘注册的）所以C盘就有部份相关文件咯！
如果你想删掉那个程式是不可以直接在D盘删的，要到注册表（添加/删除程式），看多点计算机方面的书籍吧！

怎么会这样

这是很正常的情况的.
因为很多的软件需要调用系统函数和组件的.
不过你不用担心的,他只是把一部分必须写在C盘的文件写在了C盘,体积很小的.

系统装在C盘吧？一些软件的配置文件都是放在系统盘上的，例如Windows目录，或者Document and Settings中，还有注册表。

弄错了吧

软件的运行一般都要通过c盘处理。因为其运行都要经过windows的验证，自然要留一些 验证材料 还有你如果运行某个程序，它会默认在c盘自动生成相应的文件夹。比如pdvd等。有些软件里面附带这些文件到的放置，你可以打开配置设置一下。