请问：我公司需要补交城建税吗？

你在异地做工程，办理了外出经营证明，证明只是你在外地做工程的一个合法的手续，而不是纳税的依据，纳税是按纳税义务人的所在地（就是注册地）交纳税款的。（就比如你的产品卖到外地，你不能按卖到哪的所在地交税是一样的）
税务机关要求补交6%的城建税是有根据的

必须补啊

这个吧，税法条款找起来我不太会找，套用你这个事例，大致意思是这样

如果你工程所在地的税率低于注册地税率，而且你已经在工程所在地缴纳了税款，在注册地依然要缴纳税款，不过你已经缴纳的那部分税款可以抵免，所以你要交差额。

如果你工程所在地的税率高于注册地税率，也要缴纳税款，不过就是可以全额抵免

说白了，不管啥税率，你都要可高的交，按低的交了回去了还要补。

这个是税收抵免的范畴

不合理，城建税的征收依据，实际上是按当地的土地等级核定缴纳的，你们经营地在异地，只要在当地完税就可以，没有再向本地地税局纳税的义务，如果地税局提出要求，要有法律依据。

这是不合理的要求，所以不可能有专门的条款针对这种不合理要求予以驳斥的，你只能看城建税条例和外出经营征税的规定来找相关法律条文。