工厂也不知道是否该报工伤

如果贵司为其缴纳了工伤保险或商业保险，问题不是很大，但如果没有且其伤情够上等级的话，赔偿数额就要好几万，如果你不认为是工伤，就无需申报，他本人也可以向劳动部门申报。只不过其眼睛一直在治疗过程中，后来的眼睛问题是否是一开始工作原因引起的，很难说的清楚，有可能对你产生不利后果。建议等其申请后收到劳动保障部门的书面通知再做打算，希望我的回答你还满意，还有疑问可给我留言，我会在发现后第一时间给你回复

回答得很专业，敬礼。
只是我觉得，你叫做“工伤赔偿网”，应该是劳动者权益与公司权益兼顾的吧，干嘛不建议公司主动去做申报、鉴定之类的工作呢？怕公司麻烦？我们不就是为保护劳动者权益，才启动的工伤保险吗？我们的观点在这里，会左右很多人的思维，引起好多后果的呀——因为，人们信赖你！望三思。

既然上了保险就去申请工伤吧，认定为工伤的，所花费的医疗费由工伤保险基金支付，不认定为工伤的，由员工自己支付。反正只要你申请了，你就不用支付医疗费了，也省得以后麻烦，他老发炎什么时候是个头啊！
另补充一点，已经认定工伤并支付工伤保险待遇的，肯定有一次性医疗补助金的，所以以后的费用都包含在一次性医疗补助金里了，不用再支付。