施工企业会计核算办法今年（2009）还能用吗？

可以用的。
施工企业会计核算办法是在2001年企业会计制度基础上制定的核算办法，小企业会计制度也是在2001年企业会计制度基础上，为适应数量众多的小企业而制定的会计制度。目前，除上市公司和国有大型企业、中外合资、外国独资以及部分大型股份企业已经执行2007年新的企业会计准则外，其他企业还在执行2001年企业会计制度。所以与之相配套的施工企业会计核算办法和小企业会计制度还在继续执行。