竞业限制补偿金放入员工在职期间工资内是否合法？

我也遇到过类似的问题，我也因此特别看了合同法。
这是不合法的，只能在员工离职后发放才有效。预发或者离职后发的金额不够合同法的最低标准，都是不受法律保护的。

新合同法里关于竞业限制这一条款有明确的解释，建议您自己查阅一下比较踏实。