websphere上应用程序里lib目录下的JAR包没被加载，会是什么原因？

那就放到WebSphere的lib下嘛，干吗非要放到应用程序里的lib下呢

classloader似乎无法定位你的jar
一般来说，放在websphere 的lib下，重起server应该是没有问题的。
另外需要跟classloader的配置有关系。
你提到的放到应用程序的lib我不知道具体是那种情况，但是需要通过classloader viewer看一下，是否真的没有load到。