原来的会计用的是小企业会计准则，现在我刚接手，可不可以用2006会计准则？

当然不行了，必须用新的准则。
你出报表什么的，都需要06年以后的准则，不光是这样，去年还有小的改动的。
比如固定资产增值税可以抵扣了。
对于“待摊费用”问题，在新的企业会计准则体系下，并没有完全予以取消，只是不再单独出现“待摊费用”的字样、概念而已。只要企业的相关经济业务符合准则中资产的定义，仍然可以将其列入资产负债表中的资产方。比如，企业预付若干月的房租，在原准则（制度）下，计入“待摊费用”科目，在新准则下，如果符合资产定义，可以计入“预付账款”科目。
在财务报表中，吧待摊费用计入其他流动资产。

如果用的财务软件的话，什么会计制度在一开始就已经是选好了的，不能改了，你平时不用待摊费用这科目就好了

根本不用改的，只是规定上市公司必须采用新准则。如果你实在要改的话，当然也可以啊。

用新准则好!