毕业两年后，一直在社会上工作，现在想会原籍的一家事业单位办理事业代理，档案自己拿着，可以办么？

按照规定档案是不能自己拿的。
在你毕业当年，学校通过机要局把档案寄到你原籍的人事局。你再拿报道证去人事局办理报到就可以了。
这是正常的程序。
按照规定来说，你自己去办人事代理那肯定是不行的。除非你找到接收单位，那就可以了。