新办的公司在投资款存入不久后

你说的是不是代理验资啊，
你这个就是虚假出资，或是抽逃出资，违法时一定的。
没法入账的，就在那里不要管他。这些事情税务查到了就是违法，没查到就不是罪。说不好的，如果你的公司破产了，牵扯到债务问题，你抽逃的出资时要补回来清偿债务的，如果正常经营下去没有被税务发现就什么事都没有。