两京十二部，那么两个首都怎么协调工作？同时工作，还是任意择一

两京并不意味着有两个政府,有什么需要协调的呢

应该是明朝的事吧.北京六部掌控实权..南京六部都是一些被贬或被排挤的人组成的,只有虚名,什么都不干

两都中南京是陪都，所以真正执政的是北京六部，南京六部了除了南京兵部有南直隶的兵权外，其他五部都是虚名.