分子是保持物质原来性质的粒子组成的，但是一个分子的大小可以由粒子的排列方式改变吗？

先纠正楼主的一个错误：分子（或者原子组成单质的原子、离子化合物的离子）决定物质的化学性质。
粒子间的作用力大小不会改变分子的体积，改变的是物质的体积。因为分子间是有空隙的。

“分子由许多粒子构成”，是没错，但是占最大质量的原子核是不变的（在化学里）。原子核周围的电子并不是杂乱无章的“漂浮”在“电子层”内，而是每个电子都有自己的轨道，就像围绕星球的卫星。

一个轨道里最多有两个电子，且运动方向相反。K层的电子（即第一层）只有两个，就是这个原因。L层，因为空间变大了，所以多了一种轨道，像常见的十字这样排列着。第一种叫s，第二种是d。而M层就又多了一个，叫做p。N层多的叫做l，这个就基本用不到了。

s轨道最多2个电子，d轨道最多6个电子，p轨道最多10个电子，l轨道最多18个电子。d轨道，实际上是三个轨道组成，每条里有一对电子，他们互不碰撞，互不干扰，所以构成原子“半径”的电子，形状是不会变的。同样分子虽然是原子间电子的结合，但电子在新构筑的轨道里，也是安分的旋转着，没有过分的能量，是不会令分子改变形状的。