应用电子技术系和计算机系差别很大吗?

有差别。计算机系侧重于软件开发，而电子系在计算机方面的课程一般主要侧重于计算机硬件、系统以及专业软件的应用。
如果你读本科，可考虑入计算机系，学习软件开发；如果读高级技工或者中专、中技，最好还是读电子技术实用很多，就业也很好，不至于与本科生争抢工作岗位。