请问什么病毒会大量占用系统盘的大量空间 并且是Program Files变的巨大？

从你的症状来看中了病毒
建议安全模式断网杀毒
使用最新版杀毒软件

如果平时安装软件都是选择默认的安装路径，那么Program Files这个文件夹大很正常的。
如果还以电脑有病毒，可以安装杀毒软件升级到最新版本，然后全盘对电脑进行扫描。你说的弹出对话框不清楚具体是什么。
如果杀毒也不能够解决问题，也没有其他好的方法了，重新安装一下系统吧。重装系统后先安装杀毒软件全盘扫描一下，平时软件安装到别的分区里，这样c盘的可用空间就大了。