请问现在做船，不是那种客轮，绕地球一周，在海上跨国的时候要交钱吗？

呵呵，这种思想是受中国公路收费的影响，通过别国不是钱的问题，是权的问题，只要不搞破坏，是享有无害通过权的。
现在科技这么发达，地图上没有的岛屿恐怕很难找到了，不过因位置偏僻，面积较小等原因，无人居住的荒岛估计还是有的。