对方公司开给我方的税务机关统一代开发票的发票联被我不小心丢失了，我该怎么入账呀？

可以把对方的记账联进行复印做账。让对方给出个证明就可以了。不用你自己交税

如果是普通发票，你可以让对方到税务机关索取税务机关代开发票留存的那一联的复印件，（代开发票一式三联的，你和代开票单位各持一张，税务机关留存一张）不过需要税务机关在复印件上加盖税务机关公章，有了这个复印件（一定要有公章），你就凭这个复印件记账，不用二次开票交税。