丢失增值税发票对方税务机关也开了证明能不能抵扣

专管员的回答是错误的。
已开具的增值税专用发票丢失的处理依据及方法：如果还在90天认证期内，按照国税发[2002]10号文件规定处理就可以了。国税发[2002]10号文件规定：一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前已通过防伪税控系统认证，购货单位可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前未通过防伪税控系统认证，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
现在增值税发票没有存根联，可用销货单位开具的增值税专用发票记账联
代替存根联。
如果已超过90天认证期，就没有解决的办法，购货方只能自认倒霉了。
我们这里就是这样处理的。

你必须到主管税务机关审批，拿到审批后才可以抵扣

相关的规定，是拿到这两样东西，你们可以合法的入帐，但是相应的进项税不能抵扣，因为无法通过增值税认证系统的认证，通常的处理方式就是将税金和价款一并入帐，做成本或者费用。

在增值税发票开票后的90天有效期内凭发票复印件及抄报税证明单和发票遗失说明在当地税务机关可以办理相应的抵扣，我两个月前刚做过。

在增值税发票开票后的90天有效期内凭发票存根复印件及对方抄报税证明单和贵公司发票遗失说明在当地税务机关可以办理相应的抵扣。

不要急 去当地税务机关问问清楚
有些地方可以办 有些地方不能办
关键看那些穿狗皮的高兴不高兴了