增值税发票丢失后,税务机关认证审核程序已经完成,我单位该怎样进行抵扣,像平常一样扫描复印件然后进行抵扣

没错。发票丢失后，可以用复印件和对方税务局证明直接到窗口进行抵扣认证，无需其他手续。发票复印件要带两份，一份税务局要留存。

直接手工录入

国家税务总局《关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》(国税发〔2006〕156号)
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第二十八条 一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
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在办理这些手续的过程中，开票方要做登报声明同时要接受未按照规定保管发票的处罚。 该文件自2007年1月1日起执行。