要学应用程序调用DLL或配置文件，或调用注册表应该学什么？

C/C++是永远的王道。要是单纯的想学语言很简单一两个月就行了。要是你想学精深的话还要学数据结构，算法，计算机操作系统，计算机组成原理。
从你问的问题我介绍基本书给你：c专家编程 ， c++ primer。看完了再看c++ MFC或者c windows编程或者c# 。net就可以了达到你的目的了

编程 C++都OK。
兄弟！

几门语言是少不了的

你的要求，WINDOWS 编程 C++ JAVA 等很多的编程语言

还有一个专讲注册表的。

看你学什么语言落

不过有一个是逃不了的:去背windows api吧

背WinAPI的函数去，没这个基础知识还怎么玩？
还有，学会使用控件和脚本。