乘坐上海轨道交通3号线（上海南站方向），在“宝山路”和“上海火车站”这两站，哪一站换乘反方向的……

首先, 如果是高峰时段的话, 一律宝山路换, 除非不赶时间或想少走路.
如果是低谷时段, 一般来说, 你可以在3号线进站(宝山路)时, 看对面的倒计时牌, 如果离下一班4号线的时间超过7分钟的话就到上海火车站换, 少於7分钟就在宝山路换. 如果因为对面车站也有车而无法看到倒计时牌的话, 那就看反方向是几号线的车, 如果是3号线的话就直接宝山路下车换, 如果是4号线的话就再乘到上海火车站换.
以上是我的个人经验, 仅供参考.

补充: 往江杨北路方向的话, 至少现阶段, 一律虹桥路换, 原因很简单, 宜山路因为有9号线的存在, 人流量很大, 而且像你说的, 进站出站很麻烦, 路程相比其它站稍远也是原因之一, 再加上即使去宜山路也很难赶上早一班车的, 因此没有必要在宜山路换. 至於到中山公园换, 那就是纯属无聊没事做了, 下一层再上一层又不是长途跋涉, 根本犯不著仅仅为了能在岛式站台换乘少走些路而多乘这麼几站, 纯属浪费时间. 至於明年上半年10号线试运营后虹桥路站啥情况那要等试运营以后再说了.

你的划算指的是什么呢？钱还是时间？
根据我的经验 在宝山路换乘4号线的乘客数量较多 这是有一定原因的
首先 这跟钱无关 因为交通卡计费的标准主要是起始站 所以与你在起始站和终点站之间如何换乘与扣费没有直接关系
其次 鉴于你是往上海南站方向 所以上海火车站应在宝山路的下一站 上海火车站既是客流大站又是换乘枢纽 上下乘客数目较多 若你在宝山路上车 比较容易在上海火车站得到座位
第三 上海轨道交通多是双向同时进站 误差不会超过两分钟 这就是说 你在宝山路下车的同时 反方向进站的车也是三号线 而根据我个人的经验 下一班四号线一般不会超过6分钟（四号线13分钟一班）
所以我认为还是在宝山路换乘划算
往江杨北路方向 我建议虹桥路换成 理由如下：
首先 在宜山路换成如你所说 需要出站换乘 而且4号线在宜山路已经进入地下 从轻轨三号线进入4号线路程可想而知
其次 在虹桥路换乘 经过延安西路一站就可以到达中山公园 众所周知中山公园也是换乘中心 也就是说你更有可能得到座位 至于可能多走路 我倒觉得没什么
这就是我个人的建议 仅供参考啦