请问日语“百式”是什么意思？

不，单纯是“第100个式样”的意思而已。你说的神武纪年的百式应该指是100式冲锋枪吧，百度百科等中文资料都说是因为神武纪年1000年，但是日文wiki上没有任何相关说明，看起来也只是第100个型号。

……我猜你是在拳皇里看见这个词的。没嘛意思。”第一百招“而已。

孙悟空72变？
日本神武纪年100变？

百式是一种想像中的兵器。

高达中文介绍：
http://www.hudong.com/wiki/%E7%99%BE%E5%BC%8F

白式的日文介绍：
http://dictionary.goo.ne.jp/srch/all/%E7%99%BE%E5%BC%8F/m0u/
4个意思：
# 百式 へリンクしているページ
# 指定したページは以下のページからリンクされています
# 百式重爆撃机
# 百式重爆撃机（ひゃくしきじゅうばくげきき）『呑龙』（どんりゅう）キ49は、中岛飞行机により开発され...
# 百式
# 百式、一〇〇式、100式（ひゃくしき）
# 百式 (ガンダムシリーズ)
# 当记事では、アニメ『机动戦士Ζガンダム』『机动戦士ガンダムΖΖ』などに登场するエゥーゴの试作モビルス..

根据Wikipedia，好像百式没有你所说的意思:

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』
移动: メニュー, 検索

百式、一〇〇式、100式（ひゃくしき）

* 一〇〇式 - 大日本帝国陆军が1940年（皇纪2600年）に制式采用した装备につけた型式