配9800GT的主板要P31和P43区别能差多少？

没区别。P43提供的PCI-E2.0规范16X接口带宽是P31提供的PCI-E1.0规范16X接口一倍没错，但是接口带宽不代表性能。说些枯燥的数据没有意义，我给你举个例子吧，NVIDIA曾经的性能之王8800ULTRA，NVIDIA将它设计为PCI-E1.0规范接口，也就是说，NVIDIA认为PCI-E1.0规范16X接口的带宽已经足够8800ULTRA使用，不会影响其性能发挥（这点毋庸置疑，顶级显卡展现的是厂商的研发实力和形象，这些问题是一定要考虑的，不能有阻碍性能的“障碍”）而8800ULTRA性能是高于9800GTX+的，这一点有异议的请去看看驱动之家的评测或者看看《微型计算机2008年增刊》，里面对评测结果和原因说得很明白，所以说，对于性能低于9800GTX+（GTS250）的显卡而言，使用在PCI-E1.0规范接口上并不会损失性能。实际上，即使是GTX260+这种档次的显卡也不会损失什么性能，PCI-E2.0目前仍然只属于GTX285,GTX295,HD 4870X2这样对带宽极为渴求的顶级显卡。

P43强许多，强烈建议用P43

顺路询问一下硬件小强,那么8800Ultra是否强于GTS250呢?

没多少