隐匿会计资料罪应向公安机关什么部门报案

这个主要由公安机关的经济犯罪侦查部门负责，可以到当地县级公安局报案，派出所主管治安方面没有这个部门。可以凭单位介绍信、营业执照、法人授权书去公安机关报案。
但是根据你所述情况，尚达不到犯罪的程度，公安机关可能不会介入调查，顶多会同你们一起去要出会计资料，只有等你们委托中介机构查出有财务问题后，有确凿证据了公安机关才会正式立案。
建议你朋友公司发出公文，正式撤销分公司法人和会计的职务，并要求他们交出会计资料。如果对方不交出资料，这时可以认定他们是妨害对企业的管理秩序，请公安机关协助排除妨碍。

向"经济侦查"部门报案.
直接去辖区的派出所报案就行了,接待你的人会让你填一些表,做一些笔录.
符合条件的话,他们会立案侦查的.

向你所在地公安局经济侦察支队报案。

经侦支队/大队