明清时，北京和南京为什么会成为全国性的商贸城市？

南京的话因为是六朝古都，朱元璋将南京定为首都，加上南京有长江和秦淮河，水路陆路都很发达，商贸往来十分便利。
北京在清朝应该算是政治中心，后来又定位首都，所以它的交通相当发达，且明清的时候，汉人与少数民族人民的来往也很频繁，文化交融的一种方式就是贸易往来。