增值税发票的抵扣联、发票联遗失了，怎么办？

你把你的记账联复印，连同原件去主管税务局，填个表“丢失发票已报税证明单”，这张单子一示三联，税务留一联，你留一联，还有一联给对方。另外你要把你的记账联印两份给对方
对方会计会用其中一份复印件走账，另一份复印件用来认证，对方企业的税务只要看到你方税务开出的“已报税证明单”，就可以允许他用复印件认证了。
虽然有点麻烦，但不会罚款，所以祝你好运。

国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知 国税发〔2006〕156号 规定“如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。 ”

操作方法是：你公司带记帐联去主管国税局开一份已报税证明单，然后将记帐联复印两份并加盖发票专用章随同已报税证明单交给购方作抵扣联和发票联就行了。

比较麻烦，可能要罚款，这种事情还是问问你们税务局吧，关系好的话也许可以大事化小。

要看税务局了。税务局有具体办法。