载体酶切产物电泳时检测胶上有条带,回收胶上却降解了，请教各位大虾这是怎么回事？

一片亮，一般是样品处理或者配胶的时候不注意，混入了一些内切酶，或是电泳温度高，导致核酸降解，尤其是跑RNA电泳，很容易这样。
建议用新胶，新TBC（TAC）重新跑一次，样品用醋酸铵重新纯化，电泳槽用缓冲液冲洗多次再用。另外可以在电泳槽周围放冰，降低电泳温度，并适当调低电压，因为高温对核酸降解也有促进作用。
按你说的酶切结果清晰，回收反而降解，不是很常见，应该是混入内切酶的原因，另外，你也要检查一下回收胶的浓度。

请问你提到的降解是指切下的胶在紫外下看不到条带，还是胶回收后电泳没有条带？

你是说酶切后先上小孔胶检验了一下，这时有条带，然后又上大孔胶，这是条带消失，模糊一片，是吗？