not many students后面加is还是are

are
这不是特殊用法，所以根据students要用are。
不一定有否定词就用单数。
PS:比较特殊的是more than one（不止一个）/many a (许多）+单数名词，虽然是表示复数含义，但是根据one和a,后面用单数。

用are ,主语有否定词，后面不一定跟三单。