杂合子中的隐性基因能否编码蛋白质,能否转录

那不一定，有的隐性突变仅仅是因为造成蛋白质结构变化，失去功能，蛋白本身还是可以合成的。
有的隐性突变在基因的调控序列。调控又有很多层面，包括转录前水平的和翻译水平的等等。所以可能不能转录（当然也就不能翻译），也可能能转录，但是不能翻译。

当然能！能转录但不一定能遗传！