我公司08年缴纳增值税一万，09年缴纳6万，现税务局要求补缴08年增值税

成本是和收入联系在一起的，你如果减少成本，利润就要增加，又牵扯到所得税问题

你们的主管税务机关的作法欠妥，要求补缴08年增值税应有切实的法律和计算依据。税务局让调整成本的依据是什么？只比较两个年度的成本占比是不切实际的。据此，只要你08年在成本上没有作弊，你如何进行调整，最好求教于让你调整08年成本的税务大员，看他有何“高见”？！

是查补进项税金吗？是，那是要调减08年的成本，调增所得额，再补缴企业所得税。
不管怎么调，只有多补税金，而不能少补一些。

建议：你根据税务局的要求，作一些原材料或产成品非正常损失的处理，这样只作进项税额转出，补缴增值税，不需要补缴企业所得税。