公诉案件期限

补充侦查在侦查阶段两次为限，在法庭审理阶段也是两次为限。本案12月25日退回补充侦查发生在侦查阶段，3月29日和6月16日的补充侦查都出现在法庭审理阶段，所以不违法。

但法庭审理中的补充侦查，检察院应当自行侦查，必要时可由公安机关协助。
因此，3月29日和6月16日的两次补充侦查都由公安部门完成是违法的。

在侦查阶段，补充侦查完毕移送检察院后，重新计算审查起诉期限。
审查起诉期限为1个月，必要时可以延长半个月。
因此，2009年1月25日才开始计算审查起诉期限，并可以延长1个半月。那么，到2009年2月25日是过了1个月，再加半个月（15日），刚好是3月19日。因此没有超限期。

在法庭审理阶段，如有补充侦查的情况，法院应延期审理。补充侦查完毕移送法院后，重新计算审限。
公诉审限，至迟不得超过2个半月。
那么从2009年6月16日到8月4日，没有超限期。

这个……糊涂案啊。
审查起诉阶段期限最多（普通案件1个月）为1个半月，补充侦查后重新计算，按你的说法：1月25日＋1个半月，3月10号之前就要移送法院起诉了（你所说的立案审理是移送起诉吧，如果是开庭审理那应该还是合法的），一般审查起诉1个半月要求案件比较复杂的。
还有就是一审期限最多1个半月，重大复杂省级高院批准可再加1个月，改变管辖或补充侦查重新计算，滥伐林木最高刑3～7年，个人认为没有达到惊动高院的程度，一审阶段的补充侦查是检察院自侦，但可要求公安协助。
刑事诉讼补充侦查最多两次，这是明文规定的。
我觉得这明显是法院在故意拖延期限，或许是合法的，但明显不合理，气不过就找上级法院理论吧，否则就只能忍着了。如果犯罪嫌疑人一直是被关押状态，还涉及到判决刑期折抵问题，问题蛮复杂的，找个律师坐下来好好谈谈吧

　　按相关法律规定公诉案件的审理期限：
　　相关法律规定《中华人民共和国刑事诉讼法》
　　第二百零二条　人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有本法第一百五十六条规定情形之一的，经上一级人民法院批准，可以延长三个月；因特殊情况还需要延长