We once thought of water and air as free. They're not, not any more than the land is free.

not ...any more 不是，不再是（其实一中强调，否定的强调）
由于语法的表述问题，否定在前面。
举个例子：我们在翻译“我认为.......不......”=“I don`t think that...”而不说“I think ...not...”，这个道理是一样的。
so 翻译为：
我们曾一度认为空气与水是免费的，其实不然，他们和土地一样都不是免费的。

我们曾经认为水和空气是免费的。它们不是，它们和陆地一样不是免费的。

我们曾经认为水和空气是免费的。不是这样的，它们并不比土地便宜。

我们一度认为水和空气是免费的，但事实上它们不是。和土地一样，水和空气都不是免费的。