违章建筑物如何取证才能成为有效的司法证据

那要看你所在的地是在城市还是农村？
如果是城市~~在一般都是城管局。
也有的地方是分的很细，就是以建筑物是否经过规划局核准红线。在规划局核准验收前都是由规划部门管，核准后就都由城管部门管了。
农村有的是土地管理部门，建设规划部门，具体你可以上你们当地的政府网查。
你要司法证据打官司？那最好还是到规划部门查《宗属地权图》也就是红线图。

违章建筑物的认定涉及公共利益和秩序，应该由政府相关部门认定，具有法律效力。

不是的，找当地的“建设局”盖章！