公司没注册，我可以申请劳动仲裁来仲裁我和公司之间的纠纷吗

不能申请仲裁，只能法院起诉。因为你是和一个非法团体产生纠纷。

你可以先去劳动局问一下，要是不行的话你就先去工商局揭发他，大不了你也不要那钱了，让他公司也开不下去。我就遇到过这样的事，那种没良心的老板不要给他好脸色，该出手时就出手，有他后悔的时候的！

成立雇用关系，可以直接向有管辖权的人民法院起诉。

可以委托律师向法院起诉