设立公司，股东股份比例是按照注册资金的出资比例，还是投资总额的出资比例？

首先明确,你们俩的股份比例肯定是六比四,一般这是按出资比例确定的.股份比例不是谁确定的,而是股东内部自己商定的.比如,你出120万,他出80万,按比例来讲是六比四,但如果你们商定而你也愿意,可以将股份比例变为五比五,或其他比例.所以,股份比例由股东内部商定,商定的主要依据就是出资的多少.
第二,注册资金100万,各自按六比四比例出资验资.验好资注册完毕后,另外的一百万何时到位,到位多少,由股东自己商定.我觉得可以几种处理方法:1,如果第二批一百万双方都很快到账,可以做为资本公积入账.2,如果第二批一百万到位时间难确定,而且双方到位时间不一致.建议做为借款处理,而且要计息.这样可以有两个好处,一是作为借款入账,届时抽走资金时做账比较方便,如果做到资本公积里去了,想抽出来就比较麻烦了;二是有利于公平,如果两个股东,一个资金到位及时,另一个迟迟不到位,到位及时的那个股东就要有意见了.所以,第二批拿进来的钱最好是作为借款并按时间计息,谁钱拿进来早,谁就多拿利息,谁要不出钱那就什么都没有了.
不知道这样讲是否对你有用

1、按照出资额确定注册资本200万元，则60%、40%股权比例
2、按照注册资金100万，则60%、40%股权比例。另外100万元，可以作为公司的借款处理。