我们单位的自备面包车装载自己的货物是非法营运吗

是的。

但是大家都在这样做。所谓法不责众，而且我个人认为非法营运的界定应该人性化，不是以营利为目的的不属于非法营运。

不是非法营运，

非法营运一般是指没有依法取得营运权而实施了营运行为。即未按规定领取有关主管部门核发的营运证件和超越核定范围进行经营。如果没有金钱交易行为或不能查证有金钱交易行为不能算非法营运.

你用单位的车运自己的货顶多算是公车私用，轻说就是个人作风问题，中说就是违反单位纪律，重说就是非法占/拖用公家财务。

另外要说一下，一般非法营运客运的，业内所说的非法营运是纸指的满足以下4个条件的
一、扬招
二、听乘客指令行使
三、司机和乘客互相不认识
四、提供有偿服务