我司客户回款直接回在我们供应商客户的账号上以冲减我司的应付货款，应怎样做账务处理？谢谢？

这种情况应该有协议文件，如果有就可以了。
借：应付账款-供应商
贷：应收账款-客户

鉴于这种情况建议贵司、客户、供应商你们之间要签订三方协议，然后凭借三方协议及客户给供应商打款的银行回单或者收据的复印件作为记账凭证的依据。