通过怎样的方式将0和1这些数据存储到用硅制作的，为什么编译出来的指令会乖乖的执行呢

我以前看过一本好像叫晶体管计算机原理的书，不过那是一本很老的书了，我是在学校图书馆里借到的，那时它的纸张就很黄了，估计是古董吧！不知现在还找没找得到，如果找到了建议你也看看，你会恍然大悟的，里面直接教你用晶体管搭建计算机，真的能运行的，呵呵。

建议去看看数字电路基础。再看一下汇编及对应的二进制代码。就能大概知道CPU是用什么电路去处理指令的。几句话说不明白。
CPU处理的只是加减乘除，跳转，返回等有限的指令。操作系统把其整理为任务线程。
图形界面又负责建立人机交互界面，否则CPU的处理结果是看不到的。
你所说的程序已经和机器执行的指令很远了，如果你用windows，那么你说的程序就是在windows虚拟的一个环境下运行，没有掌握CPU的所有使用权，真正和CPU打交道的是windows本身和一些驱动程序。可以去看一下操作系统和图形界面的资料。

0和1有的是光刻的，有的是熔断的，有的是磁化的，还有其他的就不太清楚了。