原子和离子是两种粒子，但书上说带电荷的原子是离子，

我给你粗略的解释下吧（高中绝对够用了）
离子分为阳离子和阴离子。
所谓阳离子即原子失去n个电子形成的粒子（粒子即基本粒子，比如：原子，离子等）。
所谓阴离子即原子得到n个电子形成的粒子。
所以离子是失去或得到电子的原子。
则离子当然也可以说是原子的一种了。

粒子，离子，搞懂这两个概念就明白了。粒子可以是任何大小微观的物质的统称吧，不用考虑带电性质。而离子是微观物质带电的物质。
原子，离子都是微观的物质当然是两种离子。带电荷的原子则可以归类到离子里。离子跟原子没什么直接关系，带电的原子和离子才有关系。