已经给客户开具发票，但客户的代理公司同时还要一份等额收据，可以开吗？

不可以的。

可以开
收据具有法律效力；
代表您实际收到多少金额的款项，
发票代表的是一笔合法的经济业务和交易往来，
只要您实际收到了钱，对方若要收据，您有义务开具（除非这笔交易本身是非法的）；
所以发票和收据是不会相互冲突的，
当然，您如果还没收到钱，就不要开收据了。