形如could you tell me 宾语从句的小疑问

首先，你肯定进了个误区，尽管could确实是can的过去式，可是也有时候跟时态没关系，仅仅是谦辞。
然后，had gone表示过去完成时，问的是 他是不是去上海了，你现在回答最多只能用has gong。问题是你能告诉我火车为什么来晚了吗？“晚”这件事已经是过去的了，所以要用过去式

宾语从句中的时态只要掌握下面几点：
1.主句用一般现在时，从句可用任意时态。
2.主句用过去时，从句用过去某个时态。
3.主句用过去时，从句是客观真理时，只用一般现在时。
你说的could 在形式上是can的过去式，但事实上它只是表示一种委婉的语气，不表示时态，所以后面的从句时态是用的一般现在时是没错的。
在can you tell me why the train was late？句子中，因为火车晚点是已经发生的事实，所以用过去时比较合理

could 是比较客气的用法
只是一种谦语
还有would也是
不是时态问题