为何我U盘里的文件夹变成了应用程序，还有有没有专杀U盘病毒的推荐下，谢谢哈。。

3楼的解释基本正确。
不过病毒把文件夹加上叻系统+隐藏双重属性，不只是隐藏。
严格按照下面的步骤。
下载Autorun病毒防御者/360顽固木马专杀/Xuetr到桌面。
重启进入安全模式，打开防御者，点左侧的免疫工具-点右侧的两个禁用按钮。打开Xuetr，点上方的[文件]标签，进入C/D/E等分区[根目录]，删除一切Autorun.inf/和.exe文件。
打开我的电脑-工具-文件夹选项-查看，选择“显示所有文件”，并[取消]“隐藏受保护的系统文件”和“隐藏已知文件的扩展名”这两项的勾选。确定。
插入u盘，点上方的[文件夹]按钮，从左侧单击进入u盘，删除一切.exe/inf文件。
开始-运行-cmd，输attrib x:/*.* -h -s /s /d回车。注意把x改为你u盘的盘符后再运行。（比如你u盘图标上的字母是h，你就把x改为h再运行命令）等待命令执行结束。
用360顽固木马专杀查杀。
那不知道你用什么工具查杀的？？
按照本人上面说的方法设置“文件夹选项”，再进u盘看看。
文件夹不会是“未知类型”的图标。

u盘病毒专杀

你可以用DOS命令删，本人就曾中过这个病毒！del *.exe

你的原来的文件夹被隐藏了，病毒自动生成了与您文件的名相同的.exe。用来传染到别的电脑。
这个病毒会在开机时在内存中运行，只要一插入U盘就传染到U盘。我解决的方法是使用“金山毒霸”里的“金山进程管理器”，查看异常进程。找到异常进程，先定位到文件夹，然后结束进程，最后删除那个病毒所在的文件夹。
至此我的病毒是清除了，但是并不知楼主的病毒是不是跟我所中的病毒是一样的，因为我中的这个病毒除了会在U盘里互相感染之外，没有发现其他任何功能。